ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়ের কেন্দ্রীয় মসজিদ দেশের তৃতীয় বৃহত্তম মসজিদ। বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠার পর আধুনিক শিক্ষা ও ইসলামী শিক্ষার সমন্বয় সাধনের লক্ষ্যে একটি মসজিদভিত্তিক ক্যাম্পাস গড়ার পরিকল্পনা নেওয়া হয়। ১৯৯২ সালে তৎকালীন সরকারের অর্থায়নে ১০ কোটি টাকা ব্যয়ের লক্ষ্যমাত্রা নিয়ে মসজিদের নির্মাণ কাজ শুরু হয়। তবে ২৩ বছর পরও মসজিদটির নির্মাণ কাজ পুরোপুরি শেষ হয়নি। ২০০ ফুট দৈর্ঘ্য ও ১২৮ ফুট প্রস্থের ৪ তলাবিশিষ্ট মসজিদটিতে একসঙ্গে ৮ হাজার মুসলি্লর নামাজ আদায়ের ব্যবস্থা রয়েছে। মসজিদে মহিলাদের জন্য পৃথক নামাজের জায়গা রয়েছে। মসজিদটি ৪ তলা বিশিষ্ট হলেও ২য়, ৩য় ও ৪র্থ তলা মসজিদ হিসেবে ব্যবহারিত হয়। নিচ তলা বিশ্ববিদ্যালয় প্রেস ও স্টোর হিসেবে ব্যবহারিত হয়। মসজিদটির উপরে ১২০ ফুট উচ্চতা বিশিষ্ট একটি গম্বুজ রয়েছে। এছাড়া ১৫০ ফুট উঁচু ৪ টি গম্বুজ সহ মসজিদটিতে ছোটবড় ১৪ টি গম্বুজ নির্মানের কথা থাকলেও তা এখনো নির্মিত হয়নি। মসজিদ কেন্দ্রীক ক্যাম্পাস গড়ার পরিকল্পনা নিয়ে ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠা হলেও তা সুদূরপরাহত।