বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠার এক যুগ পেরিয়ে গেলেও সমাবর্তন করার আগ্রহ নেই জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ের। ২০০৫ সালে প্রতিষ্ঠার পর প্রায় ৬০ হাজারেরও বেশি শিক্ষার্থী বিশ্ববিদ্যালয় থেকে সর্বোচ্চ ডিগ্রি নিয়ে বেরিয়ে গেলেও তারা সমাবর্তনের মুখ দেখেননি। বিশ্ববিদ্যালয় সূত্রে জানা গেছে, ২০০৫ সালে বিশ্ববিদ্যালয় হিসেবে একাডেমিক কার্যক্রম শুরুর পর থেকে এ পর্যন্ত ১৩তম ব্যাচ ভর্তি কার্যক্রম চলমান রয়েছে। সব কটি বিভাগ মিলিয়ে ও কলেজের শিক্ষার্থীসহ প্রথম ৭টি ব্যাচে শিক্ষার্থীরা স্নাতক ও ষষ্ঠ ব্যাচে স্নাতকোত্তর ডিগ্রি শেষ করেছেন ৫৭ হাজার ৯৩০ জন। এই ছয়টি ব্যাচ, আর কলেজ থেকে বিশ্ববিদ্যালয় রূপান্তরিত হওয়ায় কলেজে থাকাকালীন জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের অধীনে ০৩-০৪ শিক্ষাবর্ষের সনাতন মাস্টার্স শেষ করা ৪ হাজার ৬৬ জন শিক্ষার্থীকে বিশ্ববিদ্যালয়ের সার্টিফিকেট দেওয়া হচ্ছে। এ ছাড়াও ০৪-০৫ শিক্ষাবর্ষের অনার্স শেষ করা ১৫ হাজার ৭১০ জন শিক্ষার্থীকে বিশ্ববিদ্যালয়ের সার্টিফিকেট দিচ্ছে প্রশাসন। এভাবে মোট ১৯ হাজার ২৭১জনসহ বিশ্ববিদ্যালয়ের মোট ৬০ হাজার শিক্ষার্থীকে বিনা সমাবর্তনে মূল সার্টিফিকেট দিচ্ছে। এতে করে শিক্ষার্থীদের মনে ক্ষোভের সৃষ্টি হয়েছে। শিক্ষার্থীদের অনেকেই বলেন, সরকারি বিশ্ববিদ্যালয়ের একজন শিক্ষার্থীর শিক্ষাজীবনের সবচেয়ে বড় স্বপ্ন থাকে সমাবর্তন, শিক্ষা জীবন শেষে গায়ে কালো গাউন, মাথায় সমাবর্তন ক্যাপ পরে আচার্যের হাত থেকে সনদ গ্রহণ করা। কিন্তু শিক্ষাজীবন শেষ করার দিনগুলো ধূসর হয়ে গেলেও এখন পর্যন্ত সমাবর্তনের কোনো উদ্যোগ নেওয়া হচ্ছে না। ২০১৪ সালের ১৬ এপ্রিলে বিশ্ববিদ্যালয়ের এক বিজ্ঞপ্তিতে শিক্ষার্থীরা ২০০৫-০৬ শিক্ষাবর্ষ থেকে মূল সনদ নিতে পারবেন বলে জানানো হয়। এ নিয়ে তখন বিক্ষোভ করেন শিক্ষার্থীরা। বাংলাদেশের প্রায় সবকটি বিশ্ববিদ্যালয়ে এক বা একাধিক সমাবর্তন অনুষ্ঠিত হয়েছে। এমনকি জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়েরও সমাবর্তন হয়েছে। কিন্তু জবি বাংলাদেশের অন্যতম বিশ্ববিদ্যালয় হওয়া সত্ত্বেও কর্তৃপক্ষ এখনো এ আয়োজন করেনি।