আন্তর্জাতিক অপরাধ ট্রাইব্যুনালে কামারুজ্জামানের বিচার হয় সাত অভিযোগে। এর মধ্যে পঞ্চম ও ষষ্ঠ অভিযোগ থেকে অব্যাহতি পান তিনি। প্রথম ও সপ্তম অভিযোগে যাবজ্জীবন আর দ্বিতীয় অভিযোগে ১০ বছরের কারাদণ্ড হয়। তৃতীয় ও চতুর্থ অভিযোগে তাকে মৃত্যুদণ্ডে দণ্ডিত করা হয়।
পরে এ রায়ের বিরুদ্ধে আপিল করেন কামারুজ্জামান। যে পাঁচটি অভিযোগে তার দণ্ড হয়, আপিল বিভাগে তার চারটি অভিযোগই প্রমাণিত হয়। দ্বিতীয় ও সপ্তম অভিযোগে ট্রাইব্যুনালের দণ্ড বহাল রাখেন আপিল বিভাগ। তৃতীয় অভিযোগে সংখ্যাগরিষ্ঠ মতের ভিত্তিতে তাকে মৃত্যুদণ্ড দেওয়া হয়। চতুর্থ অভিযোগে সংখ্যাগরিষ্ঠ মতে তাকে যাবজ্জীবন দণ্ড দেন আপিল বিভাগ। প্রথম অভিযোগ থেকে আপিলে অব্যাহতি পান কামারুজ্জামান। দ্বিতীয় অভিযোগে বলা হয়- একাত্তরের মে মাসের মাঝামাঝি এক বিকালে কামারুজ্জামান ও তার সহযোগীরা প্রায় নগ্ন করে চাবুক দিয়ে পেটাতে পেটাতে শহরের রাস্তায় ঘোরান শেরপুর কলেজের অধ্যক্ষ সৈয়দ আবদুল হান্নানকে। তৃতীয় অভিযোগ- কামারুজ্জামানের পরামর্শে একাত্তরের ২৫ জুলাই আলবদর ও রাজাকাররা পাকিস্তানি সেনাদের নিয়ে শেরপুরের সোহাগপুর গ্রামে নির্বিচারে হত্যাযজ্ঞ চালায় এবং নারীদের ধর্ষণ করে। ওইদিন হত্যা করা হয় সোহাগপুরের ১২০ জন পুরুষকে। ঘটনার পর থেকে গ্রামটি ‘বিধবাপল্লী’ নামে পরিচিত। চতুর্থ অভিযোগ- ২৩ আগস্ট আলবদর সদস্যরা কামারুজ্জামানের নির্দেশে সুরেন্দ্র মোহন সাহার বাড়িতে স্থাপিত আলবদর ক্যাম্পে নিয়ে যান গোলাম মোস্তফাকে। সেখানে কামারুজ্জামান ও আলবদররা তাকে গুলি করে হত্যা করেন। সপ্তম অভিযোগ- ২৭ রমজান আলবদর সদস্যদের নিয়ে ময়মনসিংহের টেপা মিয়া ও তার ছেলে জহুরুল ইসলাম দারাকে ধরে জেলা পরিষদের ডাকবাংলোয় আলবদর ক্যাম্পে নিয়ে যান কামারুজ্জামান। পরদিন আলবদররা ওই দুজনসহ সাতজনকে হাত বেঁধে দাঁড় করায় ব্রহ্মপুত্র নদের পাড়ে। টেপা মিয়াকে বেয়নেট দিয়ে খোঁচানোর সময় নদীতে লাফ দিয়ে তিনি বেঁচে গেলেও হত্যাকাণ্ডের শিকার হন অন্য ছয়জন।