সচিবালয়ে গত ২৫ আগস্ট রাতে আনসার সদস্যদের সৃষ্ট অনাকাঙ্ক্ষিত পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণ করেছে বাংলাদেশ সেনাবাহিনীর সদস্যরা। আন্তঃবাহিনী জনসংযোগ পরিদপ্তর (আইএসপিআর) গতকাল এক বিজ্ঞপ্তিতে জানায়, আইনশৃঙ্খলা রক্ষায় মোতায়েনরত সেনা সদস্যরা সচিবালয় এলাকার সার্বিক নিরাপত্তা নিশ্চিতকল্পে বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ স্থানে এবং সচিবালয়ের সব গেটে নিরাপত্তা ব্যবস্থা জোরদার করেছে। এদিন বিভিন্ন সময়ে আনুমানিক ১০ হাজার আনসার সদস্য একত্রিত হয়ে সচিবালয় ঘেরাও করে অন্তর্বর্তী সরকারের সাতজন উপদেষ্টাসহ সচিবালয়ের অন্যান্য ঊর্ধ্বতন কর্মকর্তাদের জিম্মি করে রাখে। উত্তেজিত আনসার সদস্যদের শান্ত করার জন্য বিকালে মহাপরিচালক, আনসার ও ভিডিপি সচিবালয়ে আসেন এবং আনসার সদস্যদের সব দাবি মেনে নেন। এরপরও উত্তেজিত আনসার সদস্যরা সচিবালয় এলাকা ত্যাগ না করে আনসার ও ভিডিপির মহাপরিচালককে অবরুদ্ধ করে রাখে এবং কিছু আনসার সদস্য সচিবালয়ের ৩ নম্বর গেট ভেঙে ভিতরে প্রবেশের চেষ্টা করে। এ সময় উত্তেজিত আনসার সদস্যরা ঘটনাস্থলে উপস্থিত ছাত্রদের ওপর অতর্কিত হামলা করে এবং সচিবালয়ের নিরাপত্তায় নিয়োজিত সেনাবাহিনীর টহলের ওপর ইটপাটকেল নিক্ষেপসহ লাঠি দ্বারা আঘাত করে। এ সময় ছয়জন সেনাসদস্য আহত হয় এবং এর মধ্যে একজনের অবস্থা গুরুতর। এমতাবস্থায়, পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণে আনার জন্য মোতায়েনরত সেনাসদস্যরা বারংবার ধৈর্য সহকারে আনসার সদস্যদের সঙ্গে এনগেজমেন্ট করা সত্ত্বেও উত্তেজিত আনসাররা নিবৃত্ত না হলে আকাশের দিকে ২৭ রাউন্ড ফাঁকা গুলি ছোড়ে। পরে সচিবালয় এলাকায় অতিরিক্ত সেনা মোতায়েন করে আনসারদের ছত্রভঙ্গ করে পরিস্থিতি নিয়ন্ত্রণে নিয়ে আসে।
এরপর সচিবালয়ে অবরুদ্ধ অন্তর্বর্তী সরকারের সাত উপদেষ্টা, ডিজি আনসার, আইনশৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনীর ঊর্ধ্বতন কর্মকর্তা এবং সচিবালয়ের সব কর্মকর্তারা সেনাবাহিনীর সহায়তায় সচিবালয় এলাকা নিরাপদে ত্যাগ করেন। সেনাসদস্যরা সচিবালয়ে অনুপ্রবেশকারী এবং পরবর্তীতে জীবন রক্ষায় নিরাপদ আশ্রয় প্রার্থনাকারী কিছু সংখ্যক আনসার সদস্যকে নিয়ন্ত্রণে নেয় এবং তাদেরকে পুলিশের কাছে হস্তান্তর করে।