বছরের পর বছর পলি জমে পাবনার নদ-নদীগুলো হারিয়ে ফেলেছে স্বকীয়তা। নাব্য সংকটে এগুলোর অস্তিত্ব হুমকির মুখে। ফারাক্কার বিরূপ প্রভাব, জলবায়ুর পরিবর্তন ও নদ-নদীর উৎসমুখে স্লুইস গেট নির্মাণ এবং ক্রসবাঁধের প্রভাবে নদ-নদীর পানি ধারণ ক্ষমতা ও আয়তন কমে এসেছে। অধিকাংশ নদ-নদী মাছের খামার আর ফসলি জমিতে পরিণত হয়েছে। ফলে জেলার ৬২৮ কিলোমিটার নদীপথের মধ্যে ৪৫০ কিলোমিটার বিলুপ্ত হয়ে কোনোভাবে টিকে আছে মাত্র ১৭৮ কিলোমিটার নৌপথ। ফলে বন্ধ হয়ে গেছে ১৬টি নদীবন্দর ও ১২টি নৌরুট। এতে বিরূপ প্রভাব পড়ছে জেলার ব্যবসা-বাণিজ্য, কৃষি, অর্থনীতি। সর্বোপরি হারাচ্ছে প্রাকৃতিক ভারসাম্য। বিভিন্ন সময় জেলার লোকজন নদ-নদী দখলমুক্ত করে পুনঃখননের দাবি জানালেও প্রশাসনের মাথাব্যথা নেই।

জানা গেছে, পাবনার দক্ষিণ-পশ্চিমে পদ্মা, পুবে যমুনা নদী ও উত্তরে রয়েছে বড়াল নদ এবং জেলা শহরের মাঝ দিয়ে বয়ে গেছে ইছামতী নদী। এ ছাড়া পাবনার ওপর দিয়ে প্রবাহিত হয়েছে গারুলিয়া, চিকনাই, আত্রাই, চন্দ্রাবতী, গুমানী, কাগেশ্বরী, ট্যাপাগাড়ি, শুটকিদহসহ অসংখ্য শাখা নদ-নদী। স্বাধীনতা-পরবর্তী সময়েও এসব নদ-নদীতে পানিপ্রবাহ স্বাভাবিক থাকলেও বর্তমান চিত্র ভিন্ন। আর এসব নদ-নদীর ওপর নির্ভর করেই সমৃদ্ধ হয়েছিল জেলার ব্যবসা-বাণিজ্য, শিল্প, কৃষি ও অর্থনীতি। কিন্তু দখল, দূষণ ও আবর্জনায় নদ-নদীগুলো বিলীন হয়ে যাচ্ছে ক্রমান্বয়ে। ইতিমধ্যে বন্ধ হয়ে গেছে জেলার ১৬টি নদীবন্দর বা ঘাট। এর মধ্যে অন্যতম বাজিদপুর, ঈশ্বরদীর সাড়াঘাট, পাকশী, বেড়া উপজেলার নগরবাড়ী, কাজিরহাট, ভারেঙ্গা, নাকালিয়া, ভাঙ্গুরার বড়াল ব্রিজঘাট, চাটমোহরের নূরনগর, অষ্টমনীষা, বোথর ঘাট, মির্জাপুরসহ বিভিন্ন নৌবন্দর ও ঘাট। এদিকে ১৯৮১ সালে জেলার অন্যতম নদ বড়ালের উৎসমুখ রাজশহীর চারঘাটে স্লুইস গেট নির্মাণ, পরে চাটমোহর উপজেলার নূরনগর, রামনগর ও বোথর এলাকায় নদে আড়াআড়ি বাঁধ নির্মাণেও নৌপথের গতিপথ নষ্টের অন্যতম কারণ। তবে পরবর্তী সময়ে বোথরের বাঁধ অপসারণ করে ব্রিজ নির্মিত হলে আগের অবস্থা আর ফিরে পায়নি বড়াল। পাবনা পানি উন্নয়ন বোর্ডের (পাউবো) নির্বাহী প্রকৌশলী জহুরুল হক জানান, পাবনা জেলার তথ্যমতে প্রায় ৪০০ কিলোমিটার দীর্ঘ নৌপথে ১৯৭০ সাল পর্যন্ত পানিপ্রবাহ স্বাভাবিক থাকায় সহজেই নৌযান চলাচল করত। কিন্তু কালের পরিক্রমায় ও জলবায়ু পরিবর্তনের ফলে বর্তমানে প্রায় ৩০০ কিলোমিটারের নদীপথের প্রায় ১২টি নৌরুট বন্ধ হয়ে গেছে। শুধু পদ্মা ও যমুনার নদীপথে নৌযান চলাচল স্বাভাবিক থাকলেও শুকনো মৌসুমে চর ও ডুবোচরের কারণে নৌযান চলাচল বাধাপ্রাপ্ত হয়।