ইনস্টিটিউট অব ইনফরমেশন অ্যান্ড কমিউনিকেশন টেকনোলজি (আইআইসিটি) : দেশে তথ্য প্রযুক্তির প্রসারে অবদান রাখার উদ্দেশ্যে ২০০১ সালের ২ সেপ্টেম্বর এটি যাত্রা শুরু করে। এর অবকাঠামো হিসেবে বুয়েটের সাবেক কম্পিউটার সেন্টারকে বেছে নেওয়া হয়। এটি একাডেমিক উইং এবং সিস্টেম অ্যান্ড সাপোর্ট উইংয়ে বিভক্ত। একাডেমিক উইং একাডেমিক প্রোগ্রাম, শ্রেণিকক্ষ, ল্যবরেটরি, সেমিনার, কর্মশালা, স্বল্পমেয়াদি প্রশিক্ষণ প্রভৃতি কার্যক্রম পরিচালনা করে। সিস্টেম অ্যান্ড সাপোর্ট উইং ভি-স্যাট, বুয়েট ওয়েব সার্ভার, ব্রাউজিং, ওএমআর, প্রিন্টিং প্রভৃতি কার্যক্রমের সঙ্গে যুক্ত। নিজস্ব ভি-স্যাটের মাধ্যমে বুয়েট ২৪ ঘণ্টা ইন্টারনেটের সঙ্গে যুক্ত। এই ইনস্টিটিউটের অধীনে বুয়েটের ছাত্রদের বাইরেও আইআইসিটি পোস্ট গ্র্যাজুয়েট ডিপ্লোমা ইন ইনফরমেশন টেকনোলজি কোর্স চালু করেছে। ট্রেনিং অন আইটি এপ্লিকেশন ফর স্টুডেন্টস কোর্সের মাধ্যমে শিক্ষার্থীদের কম্পিউটার বিষয়ক নানা প্রশিক্ষণের ব্যবস্থা রয়েছে। এ ছাড়া এই ইনস্টিটিউট বর্তমানে স্নাতকোত্তর ডিগ্রিও প্রদান করে থাকে। এই ইনস্টিটিউটের মাধ্যমে ইতিমধ্যে বুয়েট ক্যাম্পাসে অপটিক্যাল ফাইবারের নেটওয়ার্ক স্থাপন করা হয়েছে।

পানি ও বন্যা ব্যবস্থাপনা ইনস্টিটিউট : বাংলাদেশের বন্যা সমস্যা, নদী ভাঙন, ভরাট ও গতিপথ পরিবর্তন, পানি নিষ্কাশন সমস্যা, সেচ ব্যবস্থা, ভূ-গর্ভস্থ ও ভূ-উপরিস্থ পানি চলাচল, সামুদ্রিক জলোচ্ছ্বাস প্রভৃতি বিষয়ে বাস্তবমুখী গবেষণা পরিচালনা করার উদ্দেশ্যে এটি গঠিত হয়েছে। এটি পানি সম্পদ উন্নয়নের ওপর স্নাতকোত্তর ডিগ্রি প্রদান করে।

দুর্ঘটনা গবেষণা ইনস্টিটিউট : এটি ২০০২ সালে প্রতিষ্ঠিত হয়। সড়ক, রেল ও পানিপথে বিভিন্ন দুর্ঘটনার কারণ অনুসন্ধান এবং এই সংক্রান্ত বিভিন্ন বৈজ্ঞানিক গবেষণা পরিচালনা করাই এই ইনস্টিটিউটের কাজ। এ ছাড়া এটি দেশজুড়ে নিরাপদ যোগাযোগ ব্যবস্থা গড়ে তোলার উদ্দেশ্যে সর্বস্তরের জনগণের মধ্যে সচেতনতা সৃষ্টির জন্য কাজ করে যাচ্ছে। এই উদ্দেশ্যে দেশের বিভিন্ন স্তরের পেশাজীবী মানুষের জন্য বিভিন্ন সময়ে প্রশিক্ষণের ব্যবস্থাও করে।