বুরাক খান ১২৭১ খ্রিস্টাব্দে মৃত্যুবরণ করলে চাগতাইয়ের পৌত্র নিকপাই সিংহাসন লাভ করেন। তার পর চাগতাইয়ের অপর এক পৌত্র বুকা তৈমুর ক্ষমতা লাভ করেন এবং তার মৃত্যুর পর বুরাক খানের পুত্র দুয়া খান ১২৮২ খ্রিস্টাব্দে ক্ষমতাসীন হন। ক্ষমতায় অধিষ্ঠিত হলেও তাকে কায়দুর অধীনে শাসনকার্য পরিচালনা করতে হয়। ১৩০৭ খ্রিস্টাব্দে দুয়া খান ইহলোক ত্যাগ করলে তার তিন পুত্র ট্রান্সঅঙ্য়িানার শাসনভার পরিচালনা করেন। এই তিনজন উত্তরাধিকারী ছিলেন- ইসেন বুকা (১৩০৯-১৮), কাবাক খান (১৩১৮-২৬) এবং তারমাশিরীন (১৩২৬-৩৪)। তারমাশিরীন ইসলাম ধর্ম গ্রহণ করে আলাউদ্দীন উপাধি ধারণ করেন। কতিপয় ঐতিহাসিকের মতে, মুহম্মদ বিন-তুঘলকের রাজত্বে তারমাশিরীন ভারতবর্ষ আক্রমণ করেন। ভিন্নমতে, তিনি ভারতবর্ষে আশ্রয় গ্রহণ করেন। তারমাশিরীনের রাজত্বকালে রাজনৈতিক গোলযোগ শুরু হয় এবং তিনি বিদ্রোহীদের হাতে পরাজিত ও নিহত হন। তার মৃত্যুর পর অযোগ্য ও অপদার্থ উত্তরাধিকারীরা চাগতাই বংশের সিংহাসনে আরোহণ করেন। প্রায় ১৭ জন নৃপতি ১৩৩৪ থেকে ১৩৬৯ খ্রিস্টাব্দ পর্যন্ত ট্রান্সঅঙ্য়িানা শাসন করেন। চাগতাই সাম্রাজ্যে অন্তর্দ্বন্দ্ব ও গৃহযুদ্ধ যখন অরাজকতার সূত্রপাত করে তখন ট্রান্সঅঙ্য়িানার একজন প্রভাবশালী আমিরের পুত্র তৈমুর স্বীয় দক্ষতা, শৌর্যবীর্যের বলে ক্ষমতা দখল করেন। তৈমুর পিতার দিক থেকে চাগতাই বংশোদ্ভূত হলেও মাতার দিক থেকে চেঙ্গিস খানের বংশধর ছিলেন। পিতার দিক থেকে বিচার করলে বংশকে চাগতাই তুর্কি বংশ বলা হয়।