গৃহযুদ্ধের মোকাবিলা করলেও পূর্বপূরুষের যুদ্ধনীতি বায়েজিদ পরিত্যাগ করেননি। তিনি তার শক্তিশালী বাহিনীকে ডালমাটিয়ার উপকূলবর্তী অঞ্চল, হাঙ্গেরি ও করিনথিয়া অঞ্চলে প্রেরণ করেন। বায়েজিদের রাজত্বের অন্যতম শ্রেষ্ঠ কৃতিত্ব ছিল হারজেগোভিনা জয় এবং এ অঞ্চল তুর্কি সাম্রাজ্যভুক্ত করা। ১৪৮৪ খ্রিস্টাব্দে মোলদাভিয়া ও ওয়ালাচিয়ায় যুদ্ধাভিযান করা হয়। দানিয়ুবের উপকূলে কিলিয়া ও কৃষ্ণসাগরের মোহনায় অবস্থিত আক্কেরমান দুর্গ দুটি তুর্কিদের হস্তগত হয়। এশিয়া মাইনরে বিদ্রোহ দেখা দিলে মিসরের মামলুকরা কারামানিয়ায় সাহায্য পাঠায়। বায়েজিদ শক্ত হাতে গৃহযুদ্ধ দমন করেন। মামলুকদের সঙ্গে সংঘর্ষে তুর্কিদের বিপর্যয় হয় এবং ১৪৮৪ থেকে ১৪৯৪ খ্রিস্টাব্দ পর্যন্ত অটোমান তুর্কি ও মামলুকদের মধ্যে ছয়বার সংঘর্ষ বাধে। ১৪৮৮ খ্রিস্টাব্দে মামলুক বাহিনী আঘাকাইরের যুদ্ধে তুর্কি বাহিনীকে বিধ্বস্ত করে। এতে বায়েজিদের সামরিক মর্যাদা ক্ষুণ্ন হয়। ১৪৯১ খ্রিস্টাব্দে তুর্কি ও মামলুকদের মধ্যে চুক্তি সম্পাদিত হয়। এর ফলে আদানা ও সিলিসিয়াসহ কিছু অঞ্চল মামলুকদের হস্তগত হয়।

বায়েজিদের রাজত্বকালে তুর্কি সেনাবাহিনী ভেনিস প্রজাতন্ত্রের বিরুদ্ধে অভিযান করে। নৌ-অধ্যক্ষ কামাল রইসের সুযোগ্য নেতৃত্বে তুর্কিরা সমুদ্রাভিযান করে। এর আগে তারা মোরিয়ায় অবস্থিত তিনটি ভেনিসীয় দুর্গ— নাভারিনো, মোডোল ও করেন অধিকার করে। এর ফলে গ্রিক উপকূল থেকে ভেনিসীয় প্রতিপত্তি বিলুপ্ত হয়। এ অসামান্য সাফল্যের মূলে ছিল সুলতান মুহাম্মদের রাজত্বে নৌবাহিনীর প্রাধান্য ও ভূমধ্যসাগরে তুর্কি নৌবহরের একচ্ছত্র আধিপত্য। ১৪৯৯ খ্রিস্টাব্দে তুর্কি বাহিনী নেপোন্টোর যুদ্ধে ভেনিসীয় নৌবহর সম্পূর্ণরূপে বিধ্বস্ত করে। অতঃপর ভেনিসীয় অস্ট্রীয়ও পোপের নৌবাহিনী সংঘবদ্ধ হয়ে অভিযান পরিচালনা করে কিন্তু তারাও শোচনীয়ভাবে পরাজিত হয়। ১৫০৩ খ্রিস্টাব্দে ভেনিস অটোমান তুরস্কের সঙ্গে সন্ধিতে আবদ্ধ হয়। এর ফলে আড্রিয়াটিক ও ভূমধ্যসাগরে তুর্কি নৌবাহিনীর আর কোনো প্রতিদ্বন্দ্বী থাকে না।