হাবশী শাসনের অবসানে বঙ্গদেশে হুসাইন শাহের বংশ ক্ষমতায় আসে। আলাউদ্দীন হুসাইনের সিংহাসনারোহণ (১৪৯৩-১৫১৯ খ্রি.) শান্তি ও সমৃদ্ধির ক্ষেত্রে এক নবযুগের সূচনা করে। তিনি জাতি-ধর্ম নির্বিশেষে সব প্রজার শুভেচ্ছা নিয়ে রাজত্ব আরম্ভ করেন।

আলাউদ্দীন হুসাইন শাহ : আলাউদ্দীন হুসাইনের বংশ পরিচয় সম্বন্ধে ঐতিহাসিকদের মধ্যে মতভেদ আছে। তবে অধিকাংশের ধারণা যে, তিনি আরব বংশীয় সৈয়দ ছিলেন। তার পিতা সৈয়দ আসরাফ-উল-হুসাইনী ছিলেন মক্কার শরিফ (সম্ভ্রান্ত)। তিনি ইউসুফ ও হুসাইন নামে দুই পুত্রকে সঙ্গে নিয়ে বাংলায় আগমন করেন এবং মুর্শিদাবাদ জেলার চাঁদপাড়ায় এক কাজির আশ্রমে বাস করেন। আসরাফ-উল- হুসাইনীর বংশ পরিচয় পেয়ে তার কনিষ্ঠ পুত্র হুসাইনের সঙ্গে কাজি স্বীয় কন্যার বিয়ে দেন। হুসাইন শাহ্ গৌড়াধিপতি মুজাফ্ফর শাহের অধীনে চাকরি গ্রহণ করেন এবং যোগ্যতা ও কর্মদক্ষতাগুণে শিগগিরই উজির পদে উন্নীত হন। পরে তিনি তার অত্যাচারী প্রভুর বিরুদ্ধে জনসমর্থিত বিদ্রোহ পরিচালনা করে বিশৃঙ্খল ও অরাজকতার অবসান ঘটান।

হাবশীদের বিতাড়ন : হুসাইন শাহের রাজত্বকালে প্রাসাদরক্ষী পাইকদের ক্ষমতা অত্যন্ত বেড়ে যায়। তিনি তাদের ক্ষমতা খর্ব করার জন্য পাইক বাহিনীর একটি বিরাট অংশকে বরখাস্ত করেন। হাবশীদের প্রভাব-প্রতিপত্তি থেকে রাজ্যকে মুক্ত করার জন্য তিনি তাদের বঙ্গদেশ হতে বিতাড়িত করেন এবং তাদের স্থলে পুরাতন মুসলিম ও হিন্দু আমিরগণকে পুনর্বহাল করা হয়। তার এসব ব্যবস্থার ফলে দেশে শান্তি ও শৃঙ্খলা ফিরে আসে।

রাজধানী পরিবর্তন : হুসাইন শাহ পাণ্ডুয়া থেকে ২৩ মাইল উত্তর-পূর্বে একডালায় রাজধানী স্থানান্তরিত করেন। এ রাজধানী পরিবর্তনের কারণ ছিল দূষিত ও বিষাক্ত আবহাওয়া থেকে রাজধানীকে রক্ষা ও শাসনকার্যের সুবন্দোবস্ত করা।

দিল্লির সঙ্গে সন্ধি : হুসাইন শাহ শারকী দিল্লির সুলতান সিকান্দার লোদী কর্তৃক পরাজিত ও বিতাড়িত হয়ে বঙ্গদেশে আশ্রয় গ্রহণ করেন। বাংলার সীমান্ত দিল্লির রাজ্যসীমা পর্যন্ত বিস্তৃত হয়। কাজেই দিল্লিশ্বরের সঙ্গে বাংলার সুলতানের সংঘর্ষের যথেষ্ট সম্ভাবনা ছিল। জৌনপুর ছিল দিল্লির আক্রমণের বিরুদ্ধে বাংলার জন্য প্রতিরোধ-প্রাচীরস্বরূপ।