আলোচিত জাকির নায়েকের এনজিও ইসলামিক রিসার্চ ফাউন্ডেশন (আইআরএফ) রাজীব গান্ধী ফাউন্ডেশনকে ৫০ লাখ রুপি অনুদান দিয়েছিল। ২০১১ সালে এই রুপি দেওয়া হয়েছিল। এরকমই এক চাঞ্চল্যকর তথ্য সামনে চলে আসায় যথেষ্ট অস্বস্তিতে পড়েছে কংগ্রেস। যদিও কংগ্রেসের তরফে বলা হয়েছে রাজীব গান্ধী ফাউন্ডেশন (আরজিএফ) নয় ওই রুপি এসেছে রাজীব গান্ধী চ্যারিটেবল ট্রাস্ট (আরজিসিটি)-এর কাছে এবং কয়েক মাস আগেই তারা সেই রুপি ফিরিয়ে দিয়েছিল। ইসলামিক রিসার্চ ফাউন্ডেশনের এক মুখপাত্র সংবাদ মাধ্যমে এর সত্যতা স্বীকার করে জানান ২০১১ সালে রাজীব গান্ধী ফাউন্ডেশনকে ৫০ লাখ রুপি অনুদান দিয়েছিল আইআরএফ। নারী শিক্ষা, ওষুধ ও অস্ত্রোপচার সম্পর্কিত উচ্চ শিক্ষা লাভের জন্য ওই অনুদান দেওয়া হয়েছিল।