ফেডারেশন কাপে শেখ জামাল ধানমন্ডি ক্লাব তিনবার চ্যাম্পিয়ন হয়েছে। ২০১১-১২ মৌসুমে ফাইনালে তারা টিম বিজেএমসিকে হারিয়ে প্রথমবার ফেডারেশন কাপ জয় করে। এরপর ২০১৩ সালে ফাইনালে মুক্তিযোদ্ধা সংসদকে ১-০ গোলে হারিয়ে চ্যাম্পিয়ন হয়। ২০১৫ সালে মুক্তিযোদ্ধাকে ৬-৪ গোলে হারিয়ে চ্যাম্পিয়ন হয় শেখ জামাল।